1655 wurden im Rahmen der katholischen Reformbestrebungen die Kapuziner nach Arth berufen.

Als Wohnung wurde ihnen das Haus „Färberei“ im sogenannten Hinterdorf angewiesen und die Zeno-Kapelle (1290 erstmals erwähnt) zum Gebrauch überlassen.

1656 beschloss die Kirchgemeinde Arth, den Kapuzinern ein Hospiz zu bauen, doch erst 1665 wurde mit dem Bau begonnen. Dabei wurde die baufällige Zeno-Kapelle teilweise abgebrochen.

Am 21. August 1667 konsekrierte der Konstanzer Weihbischof Georg Sigismund Müller die Klosterkirche zu Ehren des Heiligen Zeno.

1680–1681 wurde das Hospiz, weil es zu klein war, abgerissen und durch ein grösseres Kloster ersetzt. An der Eingangspforte steht die Jahrzahl 1682.

Das Kloster ist als Viereck um einen nahezu quadratischen Hof angelegt. Der Westflügel wird von der Kirche eingenommen, die gegen Norden orientiert ist.

1996 erwarb die syrisch-orthodoxe Kirche von Antiochien diese Liegenschaft und richtete unter dem Namen Kloster St. Avgin hier das geistige Zentrum und den Bischofssitz der syrisch-orthodoxen Christen in der Schweiz ein.

2009–2012 wurde das Kloster innen und aussen umfassend renoviert und erweitert.